/*
 * Code generated from Atmel Start.
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 * to avoid losing it when reconfiguring.
 */

#include "driver_init.h"
#include <peripheral_clk_config.h>
#include <utils.h>
#include <hal_init.h>

struct spi_m_sync_descriptor SPI_SD_MMC;

struct calendar_descriptor CALENDER_INTERFACE;

struct usart_sync_descriptor USART_DBG;

struct mci_sync_desc IO_BUS;

void CALENDER_INTERFACE_CLOCK_init(void)
{
	hri_mclk_set_APBAMASK_RTC_bit(MCLK);
}

void CALENDER_INTERFACE_init(void)
{
	CALENDER_INTERFACE_CLOCK_init();
	calendar_init(&CALENDER_INTERFACE, RTC);
}

void USART_DBG_PORT_init(void)
{

	gpio_set_pin_function(PB25, PINMUX_PB25D_SERCOM2_PAD0);

	gpio_set_pin_function(PB24, PINMUX_PB24D_SERCOM2_PAD1);
}

void USART_DBG_CLOCK_init(void)
{
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SERCOM2_GCLK_ID_CORE, CONF_GCLK_SERCOM2_CORE_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SERCOM2_GCLK_ID_SLOW, CONF_GCLK_SERCOM2_SLOW_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));

	hri_mclk_set_APBBMASK_SERCOM2_bit(MCLK);
}

void USART_DBG_init(void)
{
	USART_DBG_CLOCK_init();
	usart_sync_init(&USART_DBG, SERCOM2, (void *)NULL);
	USART_DBG_PORT_init();
}

void SPI_SD_MMC_PORT_init(void)
{

	gpio_set_pin_level(PB27,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	// Set pin direction to output
	gpio_set_pin_direction(PB27, GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_function(PB27, PINMUX_PB27D_SERCOM4_PAD0);

	gpio_set_pin_level(PB26,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	// Set pin direction to output
	gpio_set_pin_direction(PB26, GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_function(PB26, PINMUX_PB26D_SERCOM4_PAD1);

	// Set pin direction to input
	gpio_set_pin_direction(PB29, GPIO_DIRECTION_IN);

	gpio_set_pin_pull_mode(PB29,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PB29, PINMUX_PB29D_SERCOM4_PAD3);
}

void SPI_SD_MMC_CLOCK_init(void)
{
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SERCOM4_GCLK_ID_CORE, CONF_GCLK_SERCOM4_CORE_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SERCOM4_GCLK_ID_SLOW, CONF_GCLK_SERCOM4_SLOW_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));

	hri_mclk_set_APBDMASK_SERCOM4_bit(MCLK);
}

void SPI_SD_MMC_init(void)
{
	SPI_SD_MMC_CLOCK_init();
	spi_m_sync_init(&SPI_SD_MMC, SERCOM4);
	SPI_SD_MMC_PORT_init();
}

void IO_BUS_PORT_init(void)
{

	gpio_set_pin_direction(PB11,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PB11,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PB11,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PB11,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PB11I_SDHC0_SDCK"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PB11I_SDHC0_SDCK);

	gpio_set_pin_direction(PA08,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PA08,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PA08,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PA08,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PA08I_SDHC0_SDCMD"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PA08I_SDHC0_SDCMD);

	gpio_set_pin_direction(PA09,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PA09,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PA09,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PA09,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PA09I_SDHC0_SDDAT0"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PA09I_SDHC0_SDDAT0);

	gpio_set_pin_direction(PA10,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PA10,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PA10,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PA10,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PA10I_SDHC0_SDDAT1"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PA10I_SDHC0_SDDAT1);

	gpio_set_pin_direction(PA11,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PA11,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PA11,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PA11,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PA11I_SDHC0_SDDAT2"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PA11I_SDHC0_SDDAT2);

	gpio_set_pin_direction(PB10,
	                       // <y> Pin direction
	                       // <id> pad_direction
	                       // <GPIO_DIRECTION_OFF"> Off
	                       // <GPIO_DIRECTION_IN"> In
	                       // <GPIO_DIRECTION_OUT"> Out
	                       GPIO_DIRECTION_OUT);

	gpio_set_pin_level(PB10,
	                   // <y> Initial level
	                   // <id> pad_initial_level
	                   // <false"> Low
	                   // <true"> High
	                   false);

	gpio_set_pin_pull_mode(PB10,
	                       // <y> Pull configuration
	                       // <id> pad_pull_config
	                       // <GPIO_PULL_OFF"> Off
	                       // <GPIO_PULL_UP"> Pull-up
	                       // <GPIO_PULL_DOWN"> Pull-down
	                       GPIO_PULL_OFF);

	gpio_set_pin_function(PB10,
	                      // <y> Pin function
	                      // <id> pad_function
	                      // <i> Auto : use driver pinmux if signal is imported by driver, else turn off function
	                      // <PINMUX_PB10I_SDHC0_SDDAT3"> Auto
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_OFF"> Off
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_A"> A
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_B"> B
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_C"> C
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_D"> D
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_E"> E
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_F"> F
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_G"> G
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_H"> H
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_I"> I
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_J"> J
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_K"> K
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_L"> L
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_M"> M
	                      // <GPIO_PIN_FUNCTION_N"> N
	                      PINMUX_PB10I_SDHC0_SDDAT3);
}

void IO_BUS_CLOCK_init(void)
{
	hri_mclk_set_AHBMASK_SDHC0_bit(MCLK);
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SDHC0_GCLK_ID, CONF_GCLK_SDHC0_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));
	hri_gclk_write_PCHCTRL_reg(GCLK, SDHC0_GCLK_ID_SLOW, CONF_GCLK_SDHC0_SLOW_SRC | (1 << GCLK_PCHCTRL_CHEN_Pos));
}

void IO_BUS_init(void)
{
	IO_BUS_CLOCK_init();
	mci_sync_init(&IO_BUS, SDHC0);
	IO_BUS_PORT_init();
}

void delay_driver_init(void)
{
	delay_init(SysTick);
}

void system_init(void)
{
	init_mcu();

	CALENDER_INTERFACE_init();

	USART_DBG_init();

	SPI_SD_MMC_init();

	IO_BUS_init();

	delay_driver_init();
}